Η ΑΕΣ (Αθλητική Ένωση Σερρών) ιδρύθηκε τo 1985 ως συνέχεια της Θύελλας Σερρών και συμμετείχε στο Πρωτάθλημα της Α’ Εθνικής κατηγορίας το 1985-1986.
Από το 1986 έως το 1988 αγωνίστηκε στην Α2 Εθνική κατηγορία. Στην συνέχεια την χρονική περίοδο 1989-1992 συμμετείχε στην Β´ Εθνική κατηγορία και στην Γ’ Εθνική τις χρονιές 1993-2000.
Από το 2001 συμμετέχει στα πρωταθλήματα της ΕΚΑΣΑΜΑΘ.
Την αγωνιστική περίοδο 2021-2022 το εφηβικό τμήμα της ΑΕΣ κατέκτησε το πρωτάθλημα της ΕΚΑΣΑΜΑΘ και προκρίθηκε στους τελικούς του 63ου Πανελληνίου Πρωταθλήματος Μπάσκετ Εφήβων όπου κατέλαβε την 6η θέση ανάμεσα στις 8 καλύτερες ομάδες της Ελλάδας.
Την αγωνιστική περίοδο 2022-2023 το εφηβικό τμήμα κατέκτησε για δεύτερη συνεχόμενη φορά το Πρωτάθλημα της ΕΚΑΣΑΜΑΘ